1.保存方式的不同

电子合同更加客观、可信、不易被篡改。纸质合同一般以签约双方各保管一份原件的方式进行保存。即使不考虑在保管过程中的遗失，毁损等风险，因双方均可接触到本方保存的原件，有可篡改之机，极易造成双方所持原件内容不一致的情形。一旦发生合同纠纷，因缺乏客观可信的第三份原件进行比对，法院极难对双方的真实约定进行认定。根据举证规则，由承担举证责任的一方承担举证不能的责任。而根据谁主张谁举证的原则，往往是原告方(守约方)承担举证责任，故守约方反而成为败诉的一方。反观电子合同，一般均采用第三方电子平台存证的方式，在不属于签约双方的数据空间存储合同的全文或者哈希值，具有客观、可信、不易被篡改的优点，也确保电子合同能够还原双方的真实约定，保障守约方的利益。

2.内容载体不同

电子合同通过电子数据的形式，能够记载更多与合同签署有关的信息。传统纸质合同除了合同正文外，能够体现的信息有限。而电子合同除了时间戳可以证明精确的签署时间外，通过数据端口可以确定签约地点，通过历史版本可以反映合同的修改记录及双方的修改意见。这些信息对合同纠纷的解决均举足轻重。如精确的签约时间可以确定双方的履约行为是否符合合同约定的时间节点，准确的签约地点则决定了案件的管辖归属，合同的修改记录则可以协助法院确定一些文字表述模糊的条款的真实含义，这些都有助于合同纠纷的最终解决。

3.法律意义上的“原件”形式不同

电子合同的原件举证形式更为规范化，更易获得法院的认可。对纸质合同而言，提供经双方适当签署的纸质版本即视为提供了原件。对电子合同而言，按照现有司法实践的标准，需提供经公证处公证的打印版本作为原件。粗看起来，似乎纸质合同提供原件更为简便，免去了公证环节，实则不然。一方面随着电子合同服务机构与公证机构、司法鉴定机构的合作不断深入，电子合同的公证及鉴定可谓流程简便、价格低廉。另一方面在司法实践中，一方否认对方提供的纸质原件的情况比比皆是。在该等情况下，因纸质合同本身并无太高公信力，法院同样会要求对纸质原件的真实性进行鉴定。因诉讼过程中进行的鉴定需履行相应的司法流程及手续，其灵活性，便利性、经济性均不及电子合同在事先进行的公证。因此，要让一份纸质合同获得法院的认可，实际所花的时间与精力远超出电子合同。